La historia gira en torno a las habilidades especiales que un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad desarrollan. Yu Otosaka usa su poder sin que nadie lo sepa y lleva una vida bastante normal, con una vida estudiantil común. Ante él aparece un día una chica llamada Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de aquellos con poderes especiales quedará al descubierto. Esta es la historia de cómo aquellos con poderes especiales experimentan la juventud.

La historia se desarrolla en un prestigioso instituto femenino de las afueras de Tokio, la Academia Privada Hachimitsu, a la que acuden 1.000 estudiantes. El instituto decide convertirse en mixto y acepta una primera ronda de cinco chicos que se unen a un instituto que esperan que sea un paraíso harem, pero en realidad acaban viviendo casi como esclavos dentro del lugar.

Esta Segunda temporada contará de nuevo con Hajime y el resto de personajes. También aparecerá el NOTE azul que no apareció durante la primera temporada, y habrá nuevos personajes. La historia de la primera temporada Gatchaman Crowds nos sitúa en el inicio del verano de 2015 en Japón, con 180.000 personas viviendo en la ciudad de Tachikawa, la “segunda metrópolis” de la zona de Tokio. Entre esas personas están los “Gatchaman”, personas que luchan usando la manifestación de los poderes especiales espirituales en los seres vivos. El líder ha localizado y reunido a un grupo de personas con suficiente poder latente como para proteger la Tierra de criminales extraterrestres. En los últimos años, los Gatchaman se han dedicado principalmente a la lucha contra las misteriosas entidades conocidas como “MESS”.