Ha pasado un siglo desde que la magia, magia real, verdadera, material de leyendas; ha vuelto al mundo. Es primavera, la temporada de nuevos comienzos, y una nueva clase de estudiantes está a punto de comenzar sus estudios en la Primera Preparatoria de la Academia Nacional de Magia, apodada también como la Primera Preparatoria Mágica.

El drama de ciencia ficción se centra en treinta y seis chicos y chicas. El 16 de agosto, a mitad de unas vacaciones de verano aparentemente interminables, el estudiante de tercer año de preparatoria Nagara, la misteriosa estudiante transferida Nozomi y compañeros de clase como Mizuho y Asakaze, son repentinamente transportados de su tranquila vida cotidiana a una escuela a la deriva en una dimensión alternativa. Deberán sobrevivir con los superpoderes que han despertado en su interior.

Night Head 2041 es una serie anime que sigue la historia de los hermanos Kirhara que, desde muy jóvenes, fueron encarcelados en una instalación científica debido al surgimiento de sus poderes sobrenaturales. Pero éstos consiguen escapar tras sobrepasar la barrera que les impedía usar sus poderes. Tras ellos se encuentran los hermanos Kuroki que intentarán atraparlos a toda costa.

En 2020 del calendario solar, unos organismos grotescos llamados Otros han comenzado a comerse los cerebros de las personas. Para acabar con este nuevo enemigo, se forma la Fuerza de Supresión de Otros. Salvado por este equipo de élite cuando era niño, el psicoquinético Yuito se alista, resistiendo valientemente el entrenamiento. Por otro lado, la prodigio Kasane fue reclutada por sus habilidades. Pero los sueños de Kasane le dicen cosas extrañas, arrastrando a los dos a un destino inevitable.

La vida de Shiki como el único humano que habita el planeta Granbell, un enorme parque de diversiones controlado por robots, se ve alterada con la llegada de Rebecca y su gato Happy. Tras huir juntos debido a una rebelión de robots, emprenden un viaje interestelar plagado de aventuras para buscar a Mother, una entidad femenina colosal que conoce toda la verdad sobre el poderoso Shiki.

Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés al parecer es generar paz en este lugar. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas.